長江江豚科教中心坐落于南京生態科技島上的國際水務中心；科教中心建設主要包括840平米的科普展示廳，240平米的教研室以及可容納400人的報告廳。
基地以江豚保護為主題，權威江豚保護專家將研究的最新數據，以及江豚保護的理念及成就向公眾展示，科普保護長江江豚行為。